. พระอุโบสถ เป็นสถาปัตยกรรมแบบทรงโรง วัดโดยยาว ๘ วา ๑๘ นิ้ว กว้าง ๕ วา  ๖ นิ้ว  มีหน้ามุขยาว ๒ วา สูงเเต่พื้นถึงอกไก่ ๖ วาเศษ เป็นมุขลดไม่มีลวดลายประดับ ระหว่างประตูด้านหน้าพระอุโบสถมทำซุ้มติดกับผนัง เป็นที่ประดิษฐ์ฐานพระพุทธรูปย่อมๆ รวมทั้งพระทองด้วย ในปัจจุบันได้มีการเขียนภาพจิตรกรรมฝาผนังภายในพระอุโบสถ  ด้านหน้าเป็นภาพเขียนมารผจญ  รอบข้างเป็นภาพเทพชุมนุมและภาพพุทธประวัติชาดก  และได้มีการติดเครื่องปรับอากาศภายในพระอุโบสถ เพื่อเป็นการอนุรักษ์ภาพเขียนให้มีความคงทนยาวนานยิ่งขึ้น

๒. พระวิหารเขียน  พระวิหารเขียน  คือ  พระวิหารตั้งคู่กับพระอุโบสถ  อยู่ทางเบื้องซ้ายของพระวิหารหลวง  ในตำนานการสร้างโบสถ์กล่าวไว้ว่า  บุตรเขยพระยารามัญเป็นผู้สร้าง  ลักษณะสถาปัตยกรรมแบบทรงโรง  วัดรอบนอกยาว  ๘  วา  ๑๘  นิ้ว  กว้าง  ๔  วา ๒  ศอก  ๑  คืบ  ๙  นิ้ว  หน้ามุข  ๗  ศอก  ๓  นิ้ว   สูงจากพื้นถึงอกไก่  ๖  วาเศษ  เป็นมุขลดมีซุ้มหน้าเหมือนพระอุโบสถ   ภายในซุ้มประดิษฐานพระพุทธรูปทรงเครื่องสมัยอยุธยา    ปางมารวิชัย   ๒   องค์  ตั้งเรียงกัน  ภายในวิหารมีการเขียนภาพลวดลายกระถางต้นไม้ต่าง ๆ เครื่องใช้ เครื่องบูชาแบบของชาวจีน  เหตุนี้จึงเรียกว่า “วิหารเขียน”  สิ่งสำคัญในพระวิหารเขียน ยังมีพระพุทธรูปปูนปั้น  สมัยอยุธยา  พระพุทธรูปของทางฝ่ายมหายาน

๓. พระวิหารหลวง  พระวิหารใหญ่ที่ประดิษฐานพระพุทธไตรรัตนนายก เรียกพระวิหารหลวง  สูงแต่พื้นถึงอกไก่  ๑๘  วา  ๒  ศอก  กว้าง  ๑๓  วา  อยู่ในผังสี่เหลี่ยมจัตุรัส    ตามฝาผนังใหญ่ทั้งสี่ด้าน  เจาะช่องเป็นซุ้มไว้สำหรับตั้งพระพุทธรูปและพระพิมพ์เป็นระยะอย่างเป็นระเบียบ  ช่องพระพิมพ์นั้นสำหรับบรรจุพระพิมพ์  ๘  หมื่น  ๔  พันองค์  เป็นพระขนาดเล็ก  ชาวบ้านเรียกว่าพระงั่ง   เสาภายในพระวิหารหลวงเขียนด้วยดินสีแดงตัดเส้นเป็นลายพุ่มข้าวบิณฑ์  เป็นฝีมือช่างสมัยรัชกาลที่ ๔ หัวเสาประดับด้วยบัวกลุ่มสมัยอยุธยา  รอบผนังทั้งสี่ด้าน ตั้งพระพุทธรูปปางต่าง ๆ ไว้   พระวิหารหลวงนี้มีศิลปกรรมสมัยอยุธยา  คือบานประตู   ซึ่งสลักเป็นลายก้านขดยกดอกนูนออกมาเหนือลวดลาย  ในปัจจุบันได้มีการทำความสะอาดทำให้ปรากฏร่องรอยแห่งความสวยงามของสถาปัตยกรรมอันวิจิตร

๔. ศาลาการเปรียญ  ศาลาการเปรียญ  ตั้งอยู่ชายน้ำทางทิศตะวันตก  เป็นศาลาทรงไทยสร้างด้วยเครื่องไม้  เป็นสถาปัตยกรรมสมัยรัชกาลที่  ๔  ขนาดยาว  ๑๑  วา  กว้าง  ๖  วา    มีเฉลียงสองชั้น  หน้าบันสลักลวดลายสลักด้วยช่อฟ้าใบระกา   ภายในเพดานประดับด้วยดาวระหว่างคอสองมีภาพเขียนพุทธประวัติโดยรอบ  จารึกว่าเขียนเมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๒  ปัจจุบันใช้เป็นที่ประกอบศาสนพิธีของพุทธศาสนิกชน 

สิ่งสำคัญในศาลาการเปรียญนี้  คือ บุษบกธรรมาสน์ ที่ได้สร้างขึ้นมาแทนธรรมาสน์หลังเก่า  ซึ่งมีลักษณะยาวรี  บรรจุพระสวดได้  ๔  รูป  มีมุขและช่อฟ้าใบระกา  พระครูมงคลเทพมุนี  (ปิ่น)  จำลองแบบสร้างมาแต่วัดสุวรรณดาราม  แต่ไฟไหม้  จึงได้สร้างบุษบกธรรมาสน์หลังนี้ขึ้นมาแทน

๕. ตึกเจ้าแม่สร้อยดอกหมาก  เป็นศาลเจ้าของจีน  ถือว่าเป็นที่สถิตของพระนางสร้อยดอกหมาก  ธิดาพระเจ้ากรุงจีนซึ่งเป็นมเหสีของพระเจ้าสายน้ำผึ้ง   ตามที่กล่าวไว้ในตำนวนการสร้างวัด  ชาวจีนเรียกกันว่า  “ศาลเจ้าแม่อาเนี้ย”  ตั้งอยู่ริมน้ำด้านเหนือนอกกำแพงแก้ว  เป็นอาคารก่ออิฐถือปูนสร้างตามแบบสถาปัตยกรรมจีน   มุขด้านหลังเป็นอาคารสองชั้น  ชั้นบนตั้งแท่นบูชาและรูปเจ้าแม่สร้อยดอกหมาก   ชั้นล่างตั้งแท่นบูชารูปเจ้าพ่อกวนอิม  ใกล้ ๆ ศาลนี้มีสมอเรืออันหนึ่ง  ชาวบ้านงมขึ้นมาจากท่าน้ำหน้าวัด  กล่าวกันว่าเป็นสมอเรือของนางสร้อยดอกหมาก  ปัจจุบันได้เก็บไว้ในศาลเจ้าแม่สร้อยดอกหมากแล้ว  ได้รับการบูรณะใหม่ในปี พ.ศ.๒๕๔๓ มีการปั้นลวดลายประดับทั้งภายในและภายนอก  ให้มีลักษณะแบบเก็งจีน  ซึ่งเป็นการอนุรักษ์รูปแบบสถาปัตยกรรมเดิม

๖. เมร  ที่ใช้เป็นที่ฌาปนกิจในปัจจุบันนี้   สร้างขึ้นในบริเวณที่เคยเป็นวัดมณฑปมาก่อน  เป็นเมรุเตาอบสร้างขึ้นเมื่อ  พ.ศ.  ๒๕๑๑  ด้วยเงินผลประโยชน์ของวัด   หลังคาเป็นยอดมณฑป  มีศาลาบำเพ็ญกุศล  ๒  ศาลา  และสถานที่บรรจุศพอีก  ๑  หลัง  สิ้นงบประมาณ  ๒๐๐,๐๐๐  บาท

๗. โรงฉันภัตตาหาร  ปัจจุบันกำลังอยู่ในระหว่างดำเนินการก่อสร้างขึ้นใหม่แทนหลังเดิม  เป็นลักษณะอาคาร ๓ ชั้น  สำหรับใช้เป็นสถานที่ฉันภัตตาหารของพระภิกษุ-สามเณร  และรับประทานอาหารของประชาชนโดยทั่วไปที่มาติดต่องานต่างๆ หรือมาประชุมภายในวัดพนัญเชิงฯ โดยติดเครื่องปรับอากาศ ซึ่งสามารถจะรองรับได้ประมาณ  ๑,๐๐๐ รูป/คน  และจะใช้เป็นสถานที่ประชุมขนาดกลาง  สามารถจะรองรับผู้เข้าร่วมประชุมได้ประมาณ ๒๐๐ ที่นั่ง

๘. ตำหนักเดิม (หอสวดมนต์)  ได้รับการบูรณะขึ้นใหม่ในปี  ๒๕๔๔  โดยพระพิพัฒน์วราภรณ์(แวว  กตสาโร  พ.ศ.๒๕๔๗  ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์เป็นพระราชรัตนวราภรณ์)  มีลักษณะเป็นอาคารทรงไทย  ๒  ชั้น  ชั้นบนมีห้องพักรับรองพระภิกษุอาคันตุกะ  อีกด้านหนึ่งเป็นโถงกว้างใช้เป็นที่ประชุมของพระภิกษุสงฆ์เพื่อทำวัตรสวดมนต์ในช่วงเทศกาลเข้าพรรษา  ชั้นล่างได้จัดเป็นห้องประชุมขนาดเล็ก  สามารถจุผู้เข้าประชุมได้ประมาณ  ๑๐๐  ที่  ติดเครื่องปรับอากาศและเครื่องขยายเสียงเพื่อรองรับการใช้งานอย่างสมบูรณ์

๙. หอพระไตรปิฎก ขนาดกว้าง   ๘  เมตร  ยาว   ๙  เมตร  ปัจจุบันเป็นที่เก็บพระไตรปิฎกและตู้พระคัมภีร์โบราณ  ได้รับการบูรณะใหม่ให้มีความสวยงาม

๑๐. หอประชุมสงฆ สร้างเมื่อพระราชสุวรรณโสภณ ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาส ได้จัดการก่อสร้างเมี่อระหว่าง พ.ศ. ๒๕๒๑ สำเร็จเรียบร้อย  เมื่อ พ.ศ. ๒๕๒๒  สิ้นค่าก่อสร้าง ประมาณ ๔ ล้านบาทเศษ  ต่อมาในสมัยพระธรรมญาณมุนี (ไวทย์  มุตฺตกาโม) เป็นเจ้าอาวาส พระพิพัฒน์วราภรณ์ (นพปฎลหรือแวว  กตสาโร)  เป็นรองเจ้าอาวาส  ได้มีการต่อเติมทำให้สามารถจุผู้เข้าประชุมได้ประมาณ ๑,๐๐๐ คน  ติดเครื่องปรับอากาศพร้อมเครื่องเสียงอย่างสมบูรณ์  โดยใช้งบประมาณทั้งสิ้น จำนวน  ๒๔ ล้านบาทเศษ

๑๑. กุฏิพระธรรมญาณมุนี  เป็นกุฏิทรงไทยกลุ่ม จำนวน ๖ หลัง  ทำด้วยไม้สักทองล้วน สร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ.๒๕๔๒  ในสมัยของพระธรรมญาณมุนี (ไวทย์  มุตฺตกาโม ป.ธ.๕)  ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาส  และเจ้าคณะจังหวัดพระนครศรีอยุธยา

๑๒. กุฏิเฉลิมพระเกียรติ   ๑๒  สิงหามหาราชินี   ๒๕๔๗   (พระราชรัตนวราภรณ์)  ฝากุฏิทรงไทยทำด้วยไม้สักทอง  พื้นไม้ตะเคียนทอง  มีลวดลายที่เป็นการอนุรักษ์จิตรกรรมไทย  จำนวน ๔ หลัง  ขวาง ๑ หลัง  ข้าง ๒ หลัง  ชั้นล่างก่ออิฐถือปูน มีการติดเครื่องปรับอากาศ  ใช้เป็นสถานที่สำหรับการทัศนศึกษากุฏิทรงไทยแบบโบราณที่มีความสวยงาม  โดยจะเปิดให้ผู้มากราบไหว้หลวงพ่อโตได้เข้าเยี่ยมชมตลอดทุกวัน  และใช้เป็นสถานที่รับรองพระมหาเถระหรือพระอาคันตุกะ  มีขนาดกว้าง   ๑๒.๒๐    เมตร   ยาว  ๓๒.๑๐   เมตร  สร้างแล้วเสร็จสมบูรณ์ในปี  พ.ศ.๒๕๔๗   ในสมัยพระราชรัตนวราภรณ์ (แวว กตสาโร)  ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน

๑๓.  ศาลเจ้าแม่กวนอิม  เจ้าพ่อกวนอูและเทพเจ้าอุ่ยท้อ  ตั้งอยู่ริมแม่น้ำด้านทิศเหนือของวัด  ติดกับตึกเจ้าแม่สร้อยดอกหมาก  ได้ดำเนินการก่อสร้างแล้วเสร็จในปี ๒๕๔๙  เป็นสถานที่ประดิษฐานรูปปั้นของพระสังกัจจายน์ เจ้าแม่กวนอิม (พระโพธิสัตว์) เจ้าพ่อกวนอู(เทพเจ้าแห่งความซื่อสัตย์)และเทพเจ้าอุ่ยท้อ (เทพเจ้าผู้คุ้มครองพระศาสนา)  ซึ่งประชาชนให้ความเคารพนับถือมาก