๑. พระอุโบสถ เป็นสถาปัตยกรรมแบบทรงโรง วัดโดยยาว ๘ วา ๑๘ นิ้ว กว้าง ๕ วา ๖ นิ้ว มีหน้ามุขยาว ๒ วา สูงเเต่พื้นถึงอกไก่ ๖ วาเศษ เป็นมุขลดไม่มีลวดลายประดับ ระหว่างประตูด้านหน้าพระอุโบสถมทำซุ้มติดกับผนัง เป็นที่ประดิษฐ์ฐานพระพุทธรูปย่อมๆ รวมทั้งพระทองด้วย ในปัจจุบันได้มีการเขียนภาพจิตรกรรมฝาผนังภายในพระอุโบสถ ด้านหน้าเป็นภาพเขียนมารผจญ รอบข้างเป็นภาพเทพชุมนุมและภาพพุทธประวัติชาดก และได้มีการติดเครื่องปรับอากาศภายในพระอุโบสถ เพื่อเป็นการอนุรักษ์ภาพเขียนให้มีความคงทนยาวนานยิ่งขึ้น
๒. พระวิหารเขียน พระวิหารเขียน คือ พระวิหารตั้งคู่กับพระอุโบสถ อยู่ทางเบื้องซ้ายของพระวิหารหลวง ในตำนานการสร้างโบสถ์กล่าวไว้ว่า บุตรเขยพระยารามัญเป็นผู้สร้าง ลักษณะสถาปัตยกรรมแบบทรงโรง วัดรอบนอกยาว ๘ วา ๑๘ นิ้ว กว้าง ๔ วา ๒ ศอก ๑ คืบ ๙ นิ้ว หน้ามุข ๗ ศอก ๓ นิ้ว สูงจากพื้นถึงอกไก่ ๖ วาเศษ เป็นมุขลดมีซุ้มหน้าเหมือนพระอุโบสถ ภายในซุ้มประดิษฐานพระพุทธรูปทรงเครื่องสมัยอยุธยา ปางมารวิชัย ๒ องค์ ตั้งเรียงกัน ภายในวิหารมีการเขียนภาพลวดลายกระถางต้นไม้ต่าง ๆ เครื่องใช้ เครื่องบูชาแบบของชาวจีน เหตุนี้จึงเรียกว่า วิหารเขียน สิ่งสำคัญในพระวิหารเขียน ยังมีพระพุทธรูปปูนปั้น สมัยอยุธยา พระพุทธรูปของทางฝ่ายมหายาน
๓. พระวิหารหลวง พระวิหารใหญ่ที่ประดิษฐานพระพุทธไตรรัตนนายก เรียกพระวิหารหลวง สูงแต่พื้นถึงอกไก่ ๑๘ วา ๒ ศอก กว้าง ๑๓ วา อยู่ในผังสี่เหลี่ยมจัตุรัส ตามฝาผนังใหญ่ทั้งสี่ด้าน เจาะช่องเป็นซุ้มไว้สำหรับตั้งพระพุทธรูปและพระพิมพ์เป็นระยะอย่างเป็นระเบียบ ช่องพระพิมพ์นั้นสำหรับบรรจุพระพิมพ์ ๘ หมื่น ๔ พันองค์ เป็นพระขนาดเล็ก ชาวบ้านเรียกว่าพระงั่ง เสาภายในพระวิหารหลวงเขียนด้วยดินสีแดงตัดเส้นเป็นลายพุ่มข้าวบิณฑ์ เป็นฝีมือช่างสมัยรัชกาลที่ ๔ หัวเสาประดับด้วยบัวกลุ่มสมัยอยุธยา รอบผนังทั้งสี่ด้าน ตั้งพระพุทธรูปปางต่าง ๆ ไว้ พระวิหารหลวงนี้มีศิลปกรรมสมัยอยุธยา คือบานประตู ซึ่งสลักเป็นลายก้านขดยกดอกนูนออกมาเหนือลวดลาย ในปัจจุบันได้มีการทำความสะอาดทำให้ปรากฏร่องรอยแห่งความสวยงามของสถาปัตยกรรมอันวิจิตร
๔. ศาลาการเปรียญ ศาลาการเปรียญ ตั้งอยู่ชายน้ำทางทิศตะวันตก เป็นศาลาทรงไทยสร้างด้วยเครื่องไม้ เป็นสถาปัตยกรรมสมัยรัชกาลที่ ๔ ขนาดยาว ๑๑ วา กว้าง ๖ วา มีเฉลียงสองชั้น หน้าบันสลักลวดลายสลักด้วยช่อฟ้าใบระกา ภายในเพดานประดับด้วยดาวระหว่างคอสองมีภาพเขียนพุทธประวัติโดยรอบ จารึกว่าเขียนเมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๒ ปัจจุบันใช้เป็นที่ประกอบศาสนพิธีของพุทธศาสนิกชน
สิ่งสำคัญในศาลาการเปรียญนี้ คือ บุษบกธรรมาสน์ ที่ได้สร้างขึ้นมาแทนธรรมาสน์หลังเก่า ซึ่งมีลักษณะยาวรี บรรจุพระสวดได้ ๔ รูป มีมุขและช่อฟ้าใบระกา พระครูมงคลเทพมุนี (ปิ่น) จำลองแบบสร้างมาแต่วัดสุวรรณดาราม แต่ไฟไหม้ จึงได้สร้างบุษบกธรรมาสน์หลังนี้ขึ้นมาแทน
ู๕. ตึกเจ้าแม่สร้อยดอกหมาก เป็นศาลเจ้าของจีน ถือว่าเป็นที่สถิตของพระนางสร้อยดอกหมาก ธิดาพระเจ้ากรุงจีนซึ่งเป็นมเหสีของพระเจ้าสายน้ำผึ้ง ตามที่กล่าวไว้ในตำนวนการสร้างวัด ชาวจีนเรียกกันว่า ศาลเจ้าแม่อาเนี้ย ตั้งอยู่ริมน้ำด้านเหนือนอกกำแพงแก้ว เป็นอาคารก่ออิฐถือปูนสร้างตามแบบสถาปัตยกรรมจีน มุขด้านหลังเป็นอาคารสองชั้น ชั้นบนตั้งแท่นบูชาและรูปเจ้าแม่สร้อยดอกหมาก ชั้นล่างตั้งแท่นบูชารูปเจ้าพ่อกวนอิม ใกล้ ๆ ศาลนี้มีสมอเรืออันหนึ่ง ชาวบ้านงมขึ้นมาจากท่าน้ำหน้าวัด กล่าวกันว่าเป็นสมอเรือของนางสร้อยดอกหมาก ปัจจุบันได้เก็บไว้ในศาลเจ้าแม่สร้อยดอกหมากแล้ว ได้รับการบูรณะใหม่ในปี พ.ศ.๒๕๔๓ มีการปั้นลวดลายประดับทั้งภายในและภายนอก ให้มีลักษณะแบบเก็งจีน ซึ่งเป็นการอนุรักษ์รูปแบบสถาปัตยกรรมเดิม
๖. เมรุ ที่ใช้เป็นที่ฌาปนกิจในปัจจุบันนี้ สร้างขึ้นในบริเวณที่เคยเป็นวัดมณฑปมาก่อน เป็นเมรุเตาอบสร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๑ ด้วยเงินผลประโยชน์ของวัด หลังคาเป็นยอดมณฑป มีศาลาบำเพ็ญกุศล ๒ ศาลา และสถานที่บรรจุศพอีก ๑ หลัง สิ้นงบประมาณ ๒๐๐,๐๐๐ บาท
๗. โรงฉันภัตตาหาร ปัจจุบันกำลังอยู่ในระหว่างดำเนินการก่อสร้างขึ้นใหม่แทนหลังเดิม เป็นลักษณะอาคาร ๓ ชั้น สำหรับใช้เป็นสถานที่ฉันภัตตาหารของพระภิกษุ-สามเณร และรับประทานอาหารของประชาชนโดยทั่วไปที่มาติดต่องานต่างๆ หรือมาประชุมภายในวัดพนัญเชิงฯ โดยติดเครื่องปรับอากาศ ซึ่งสามารถจะรองรับได้ประมาณ ๑,๐๐๐ รูป/คน และจะใช้เป็นสถานที่ประชุมขนาดกลาง สามารถจะรองรับผู้เข้าร่วมประชุมได้ประมาณ ๒๐๐ ที่นั่ง
๘. ตำหนักเดิม (หอสวดมนต์) ได้รับการบูรณะขึ้นใหม่ในปี ๒๕๔๔ โดยพระพิพัฒน์วราภรณ์(แวว กตสาโร พ.ศ.๒๕๔๗ ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์เป็นพระราชรัตนวราภรณ์) มีลักษณะเป็นอาคารทรงไทย ๒ ชั้น ชั้นบนมีห้องพักรับรองพระภิกษุอาคันตุกะ อีกด้านหนึ่งเป็นโถงกว้างใช้เป็นที่ประชุมของพระภิกษุสงฆ์เพื่อทำวัตรสวดมนต์ในช่วงเทศกาลเข้าพรรษา ชั้นล่างได้จัดเป็นห้องประชุมขนาดเล็ก สามารถจุผู้เข้าประชุมได้ประมาณ ๑๐๐ ที่ ติดเครื่องปรับอากาศและเครื่องขยายเสียงเพื่อรองรับการใช้งานอย่างสมบูรณ์
๙. หอพระไตรปิฎก ขนาดกว้าง ๘ เมตร ยาว ๙ เมตร ปัจจุบันเป็นที่เก็บพระไตรปิฎกและตู้พระคัมภีร์โบราณ ได้รับการบูรณะใหม่ให้มีความสวยงาม
๑๐. หอประชุมสงฆ์ สร้างเมื่อพระราชสุวรรณโสภณ ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาส ได้จัดการก่อสร้างเมี่อระหว่าง พ.ศ. ๒๕๒๑ สำเร็จเรียบร้อย เมื่อ พ.ศ. ๒๕๒๒ สิ้นค่าก่อสร้าง ประมาณ ๔ ล้านบาทเศษ ต่อมาในสมัยพระธรรมญาณมุนี (ไวทย์ มุตฺตกาโม) เป็นเจ้าอาวาส พระพิพัฒน์วราภรณ์ (นพปฎลหรือแวว กตสาโร) เป็นรองเจ้าอาวาส ได้มีการต่อเติมทำให้สามารถจุผู้เข้าประชุมได้ประมาณ ๑,๐๐๐ คน ติดเครื่องปรับอากาศพร้อมเครื่องเสียงอย่างสมบูรณ์ โดยใช้งบประมาณทั้งสิ้น จำนวน ๒๔ ล้านบาทเศษ
๑๑. กุฏิพระธรรมญาณมุนี เป็นกุฏิทรงไทยกลุ่ม จำนวน ๖ หลัง ทำด้วยไม้สักทองล้วน สร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ.๒๕๔๒ ในสมัยของพระธรรมญาณมุนี (ไวทย์ มุตฺตกาโม ป.ธ.๕) ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาส และเจ้าคณะจังหวัดพระนครศรีอยุธยา
๑๒. กุฏิเฉลิมพระเกียรติ ๑๒ สิงหามหาราชินี ๒๕๔๗ (พระราชรัตนวราภรณ์) ฝากุฏิทรงไทยทำด้วยไม้สักทอง พื้นไม้ตะเคียนทอง มีลวดลายที่เป็นการอนุรักษ์จิตรกรรมไทย จำนวน ๔ หลัง ขวาง ๑ หลัง ข้าง ๒ หลัง ชั้นล่างก่ออิฐถือปูน มีการติดเครื่องปรับอากาศ ใช้เป็นสถานที่สำหรับการทัศนศึกษากุฏิทรงไทยแบบโบราณที่มีความสวยงาม โดยจะเปิดให้ผู้มากราบไหว้หลวงพ่อโตได้เข้าเยี่ยมชมตลอดทุกวัน และใช้เป็นสถานที่รับรองพระมหาเถระหรือพระอาคันตุกะ มีขนาดกว้าง ๑๒.๒๐ เมตร ยาว ๓๒.๑๐ เมตร สร้างแล้วเสร็จสมบูรณ์ในปี พ.ศ.๒๕๔๗ ในสมัยพระราชรัตนวราภรณ์ (แวว กตสาโร) ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน
๑๓. ศาลเจ้าแม่กวนอิม เจ้าพ่อกวนอูและเทพเจ้าอุ่ยท้อ ตั้งอยู่ริมแม่น้ำด้านทิศเหนือของวัด ติดกับตึกเจ้าแม่สร้อยดอกหมาก ได้ดำเนินการก่อสร้างแล้วเสร็จในปี ๒๕๔๙ เป็นสถานที่ประดิษฐานรูปปั้นของพระสังกัจจายน์ เจ้าแม่กวนอิม (พระโพธิสัตว์) เจ้าพ่อกวนอู(เทพเจ้าแห่งความซื่อสัตย์)และเทพเจ้าอุ่ยท้อ (เทพเจ้าผู้คุ้มครองพระศาสนา) ซึ่งประชาชนให้ความเคารพนับถือมาก