๑. พระพุทธไตรรัตนนายก (หลวงพ่อโต) เป็นชนิดพระปูนปั้นปางมารวิชัยหน้าตักกว้าง ๗ วา ๑๐ นิ้ว สูงตลอดรัศมี ๙ วา ๒ ศอก ประดิษฐ์อยู่ในพระวิหารใหญ่ตามฝาผนังพระวิหารใหญ่ทั้ง ๔ ด้าน ทำเป็นช่องๆ ไว้บรรจุพระพุทธรูป ๘๔,๐๐๐ องค์ เป็นพระขนาดเล็กตามภาษาชาวบ้านว่า พระงั่ง ในทำเนียบพระพุทธรูปกล่าวว่า สร้างเมื่อปีชวด พ.ศ.๑๘๖๗ ก่อนสร้างกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี ๒๖ ปี แต่ไม่ได้ความว่าใครเป็นผู้สร้าง ได้รับการปฏิสังขรณ์เมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๑ เนื่องจากไฟไหม้ผ้าห่มพระพุทธไตรรัตนนายก ในพ.ศ.๒๔๔๔ ทำให้ชำรุดหลายแห่ง และซ่อมแซมเสร็จในปี พ.ศ.๒๔๗๒ มีการทำอุณาโลมเปลี่ยนใหม่ยกขึ้นติดตามเดิมเมื่อวันที่ ๑๕ พฤษภาคม พ.ศ.๒๔๗๒ ในปัจจุบัน ปี พ.ศ.๒๕๔๙ กำลังจะดำเนินการบูรณะครั้งใหญ่โดยจะทำการปิดทองใหม่ทั้งองค์ เพื่อให้เกิดความสวยงามเป็นที่น่าศรัทธาของพุทธศาสนิกชน
พระพุทธรูปองค์นี้ มีเรื่องอัศจรรย์อย่างหนึ่ง ซึ่งควรนำมากล่าวไว้ในนี้ด้วย คือ ตามคำให้การชาวกรุงเก่าเล่าว่า เมื่อใกล้จะเสียกรุงศรีอยุธยาแก่พม่าข้าศึกนั้น พระพุทธปฏิมากรองค์ใหญ่ในพระวิหารหลวง วัดพนัญเชิง มีน้ำพระเนตรไหลออกทั้งสองข้างจรดพระนาภี เหตุนี้ประชาชนจึงมีความเคารพนับถือมาก ถึงหน้าเทศกาลได้ไปประชุมกันนมัสการเป็นประจำทุกๆ ปี
๒. ภายในพระอุโบสถวัดพนัญเชิงนี้ มีพระพุทธรูปขนาดใหญ่ประดิษฐานอยู่ ๓ องค์ เรียงจากซ้ายไปขวา ดังนี้
๒.๑ พระพุทธรูปทอง สมัยสุโขทัยปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง ๓ ศอก ๓ นิ้ว สูงจากฐานถึงยอดพระเศียร ๔ ศอก ๓ นิ้ว
๒.๒ พระพุทธรูปปูนปั้น สมัยอยุธยาปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง ๔ ศอก สูงจากฐานถึงยอดพระเศียร ๕ ศอก ๑๑ นิ้ว
๒.๓ พระพุทธรูปนาก สมัยสุโขทัยปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง ๓ ศอก ๑๓ นิ้ว สูงจากฐานถึงยอดพระเศียร ๕ ศอก
พระพุทธรูปทองและนาคนั้น สันนิษฐานว่าสร้างสมัยตอนปลายสุโขทัยราว พ.ศ. ๑๙๐๐ เดิมทีเดียวหุ้มปูนลงรักปิดทองไว้ เข้าใจว่าคงหุ้มมาตั้งแต่กรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่าครั้งสุดท้าย เมื่อ พ.ศ. ๒๓๑๐ ต่อมาเมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๙ ทางวัดจัดทำความสะอาดจึงได้พบรอยปูนกระเทาะออก เห็นว่าเป็นทองและนาค จึงได้กระเทาะปูนออกดังปรากฏเห็นอยู่ในทุกวันนี้
