๑. คำว่า “พแนงเชิง”  มีความหมายว่า  “นั่งขัดสมาธิ” ฉะนั้น คำว่า “วัดพนัญเชิง” “วัดพระแนงเชิง”  หรือ  “วัดพระเจ้าพแนงเชิง”  จึงหมายความถึงวัดแห่งพระพุทธรูปนั่งปางมารวิชัย คือ “หลวงพ่อโต” หรือ “พระพุทธไตรรัตนนายก”  นั่นเอง

๒. เพราะการสร้างพระพุทธรูปนั่งปางมารวิชัยเป็นประธานของวัด อาจเป็นลักษณะพิเศษจึงขนานนามวัดตามพระพุทธลักษณะที่สร้างเป็นปางมารวิชัยก็อาจเป็นได้  โดยเฉพาะพระประธานของวัดนี้เป็นพระพุทธรูปนั่งปางมารวิชัยที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในประเทศไทย

๓. เพราะสืบเนื่องมาจากตำนานเรื่องพระนางสร้อยดอกหมาก คือ เมื่อพระนางสร้อยดอกหมากกลั้นใจตายนั้น  พระนางคงจะนั่งขัดสมาธิ   เพราะชาวจีนนิยมนั่งขัดสมาธิมากกว่านั่งพับเพียบจึงนำมาใช้เรียกชื่อวัด  บางคนก็เรียกว่า วัดพระนางเอาเชิง  ตามสาเหตุที่ทำให้พระนางถึงแก่ชีวิต 

ฉะนั้น   ถ้าเรียกนามวัดตามความหมายของคำแล้ว    คำว่า  “ วัดพนัญเชิง”   ก็ย่อมหมายความถึงวัดที่มีพระพุทธรูปนั่งขัดสมาธิ คือหลวงพ่อโต  หรือพระพุทธไตรรัตนนายกนั่นเอง

พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔  ทรงอาศัยเหตุที่เรียกชื่อวัดนี้ไปต่าง ๆ กัน  จึงโปรดให้ประกาศเป็นพระราชกฤษฎีกาเกี่ยวกับชื่อวัดพนัญเชิงไว้ดังนี้

“วัดพนัญเชิง”  อีกคำหนึ่งว่า  “วัดพระเจ้าพนัญเชิง”  ให้คงเรียกอยู่อย่างเดิมอย่าอุตริเล่นลิ้น  เรียกว่าผนังเชิง เพราะเขาเรียกอย่างนั้นทั้งบ้านทั้งเมืองมาแต่ไหนๆมาแปลงว่าผนังเชิงก็ไม่เพราะ  จะเป็นยศเป็นเกียรติอะไร  สำแดงแต่ความโง่ของผู้แปลงไม่รู้ภาษาเดิมว่าเขาตั้งว่า “พนัญเชิง” ด้วยเหตุไรประการหนึ่ง วัดนั้นเป็นวัดราษฎรไทยจีนเป็นอันมากเขาถือกันว่าศักดิ์สิทธิ์ ก็เจ้าของเดิมตั้งชื่อนั้นไว้จะเป็นผีสางเทวดาสิงสู่อยู่อย่างไรก็ไม่รู้ มาแปลงขึ้นใหม่ ๆ ดูเหมือนผู้แปลงก็ไม่สู้จะสบาย ไม่พอที่ย้ายก็อย่ายกไปเลย  ให้คงไว้ตามเดิมเถิด”